试管婴儿的缺点一般有试管婴儿技术的本身存在缺陷，决定了这一技术的应用也是存在风险的。由于试管婴儿成功率较低，为了提高受孕成功率，大多采用一次植入多个胚胎的方法。虽然没有直接证据表明试管婴儿比普通婴儿先天，缺陷率高，或在智力发育方面有差异等。
人工授精和试管婴儿是两种完全不同的辅助助孕手段。人工授精是在预计排卵日将男性的精子经过洗涤优化处理以后打入到宫腔里，精子和卵子也是自然受精结合的。试管婴儿是在排卵前就要把卵子取出来，和精子在体外结合。
试管婴儿操作时，将精子注入卵子可对精子内部造成稍许损伤，但肉眼无法看出第二代试管婴儿受精率高，但优胚率，囊胚率及妊娠率，与新鲜试管婴儿差别不大流产率约高于5%，高于体外第一代试管婴儿。
试管婴儿成功率比较低，而且费用较高。试管婴儿是不影响寿命的，试管婴儿并不是真正在试管里长大的婴儿，而是从卵巢内取出几个卵子，在实验室里让他们与男性的精子结合，形成胚胎，然后转移胚胎到子宫内，孩子只要降生，寿命和自然分娩的没有区别。
做人工授精还是试管婴儿取决于夫妇双方不孕不育的原因。如果男方少弱精症比较严重，或者女方输卵管堵塞不能手术治疗、严重的内分泌失调等，做试管婴儿比较好；做试管婴儿，男方需化验精液，女方亦需完成一些基本的检查，如妇科检查，诊刮，输卵管通透试验，抗精子抗体，肝功能和乙肝两对半，血常规分析和出凝血时间及基础内分泌激素测定(月经第３天)等.若无异常，开始试管婴儿治疗。
三代试管婴儿的优点是通过此类技术对胚胎进行优选。如女性出现反复性流产的情况，通过PGS技术可选择正常胚胎，减少流产的可能性。夫妻存在家族性遗传病，可通过PGD技术淘汰异常胚胎，将正常胚胎移植到体内，保证获得健康的胎儿。缺点，此技术干预较多，必须从活体胚胎中取出细胞，对胚胎可造成损伤。因此，第三代的适应症控制较严格。
