巧囊术后卵巢早衰可以通过以下方法进行治疗。其中西医一般有以下几种治疗方案：人工周期；促性腺素；免疫抑制剂。另外，可以通过中药治疗或中西药结合治疗方法使卵巢逐步恢复功能。
应该多注意一些饮食和卫生，多囊卵巢综合症是由于内分泌功能紊乱引起的。以慢性无排卵、闭经或月经稀发、不孕、肥胖、多毛和卵巢多囊性增大为临床特征。多囊目前主要是药物治疗，诊断多囊的标准不是卵巢有3.5厘米，而是卵泡大于等于12个。
巧囊是由于子宫内膜移位症而引起的巧克力囊肿，也就是子宫内膜异位症的囊肿。出现巧克力囊肿，可能会影响排卵，甚至会影响生育。如果囊肿比较小，在3cm以下，因为是比较小的，可以进行随访。
巧囊需要使用药物治疗，如果病情严重需要进行手术切除，输卵管积水输卵管积水的可以使用中药治疗，也可以采用内科把输卵管积水以阴道超声波，或者腹腔镜的方式抽吸掉。卵巢早衰要以生活方式来调整，即保持正常体重，适当进行负重锻炼。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，囊肿的尺寸比较小，采取保守治疗，有助于改善，定期复查彩超。囊肿的尺寸比较大，那就需要通过手术处理，避免刺激性等食物的摄入。
巧囊术后卵巢早衰可以在医生的指导下口服雌孕激素序贯疗法进行调理。平常多吃点豆浆豆腐等，对于卵巢也有一定的保养作用。巧克力囊肿术后卵巢早衰，会出现月经量偏少甚至闭经的发生。保持规律的生活作息习惯，不要经常熬夜。