巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
目前考虑为子宫内膜异位囊肿，建议月经干净2~3天再次到医院复查，超声除外生理性的卵巢囊肿，如果卵巢囊肿持续存在，还影响肿瘤标志物的化验，写出判断重复的性质，之后决定下步治疗。
卵巢巧克力囊肿手术后一定要打诺雷德针，是抑制卵巢排卵，形成“药物性假绝经”，使月经暂时不来潮，异位到卵巢的内膜组织不会增长及出血，也就不会复发，由于术后的前3个月，比较重要，所以术后打2-3次针，一个月1次，打针过程中月经不会来的，停针后一切会恢复正常的不要有心里负担。
巧克力囊肿一旦出现破裂很有可能会出现迅速粘黏的情况，而且还会引起病情恶化可能会转变为恶性肿瘤建议平时的时候一定要注意避免腹部受到外部物质的重击如果一旦出现破裂还有可能会导致子宫多部分发生感染引起病情的恶变。
