由于子宫内膜异位到盆腔内的卵巢、附件后，每次月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，出的血又不象子宫内的月经血有通道排除体外，而是由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月地积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色。
克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变检查除了双合诊，应做B超检查、妇科检查、CA125检查，目前最有效、最好的诊断方法是腹腔镜检查，能够对盆腔进行全方位窥视，确定位置及病因并精确诊断。
如果巧克力囊肿术后卵巢显示不清，有可能是膀胱充盈度欠佳或是肠胀气导致的，如果没有不适，可以先催经等月经干净以后，去医院检查激素6项和在月经的中期检查卵泡的发育情况，看是否能正常排卵。建议平时不要熬夜，养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
卵巢巧克力囊肿的危害有：引起月经不调、腹痛、性生活痛等不适症状；造成盆腔器官的粘连；导致弥漫性腹膜炎；引起输卵管阻塞，导致不孕。反胃、呕吐、发烧和腹部剧痛。需要去正规医院专科治疗的。
