巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。
巧克力囊肿又称为子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指卵巢囊肿内含陈旧性积血，呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力。多数病患无明显临床症状，往往是体检时无意发现而就诊。少数病患表现为痛经、月经不调、患侧疼痛、不孕等。一旦明确诊断，对囊肿进行切除。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
像这种症状。巧克力囊肿一般分为两种类型，即腹腔巧克力囊肿和卵巢巧克力囊肿，通常以卵巢巧克力囊肿病人居多。对于巧克力囊肿女性病人来说，如果想要尽早的痊愈，就需要选择手术的方法进行治疗。而由于巧克力囊肿病人的病情状况不同，所以其对应的手术危险性也就不同。
这种轻度的可通过生活和饮食习惯进行纠正和调理，缓解恢复机体代谢能力；对于中度需通过药物调理，对卵巢进行药物干涉，使其正常排卵。多囊比较严重的则需要考虑手术治疗。所以多囊卵巢的应对措施必须的针对性的，切勿盲目做出不恰当的治疗措施。
巧克力囊肿的严重症状有生理期痛经。很多女性一到生理期就会有很强烈的痛经状况，有些还是随着年纪加重疼痛，月经不调。月经周期不规律，月经量过多或者减少，月经时间拖得很长，出现腹膜炎。子宫内膜出先炎症，引发内膜囊肿，使得子宫内壁薄弱溃烂，无弹性，经血淤积流入腹腔，导致腹膜炎。
