巧克力囊肿是有可能会复发的，巧克力囊肿一般是由于子宫内膜异位症造成的，一般如果巧克力囊肿比较大，建议进行手术治疗，手术治疗之后可以在医生指导下服用药物来治疗子宫内膜异位症，如果子宫内膜异位症恢复到正常，是不会再复发巧克力囊肿的。可去正规医院检查后确定治疗方案。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿会复发几率多大？大概在百分30左右，不要太担心。巧克力囊肿的临床表现一是进行性加重的痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵，分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，三是不孕不育，四是腹痛，主要与囊肿破裂后出现，此外，巧克力囊肿还有可能发生恶变，巧克力囊肿大小不同，恶变率就不同。
巧克力囊肿手术后不会影响受孕的。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢和生理功能。
如果已经做了手术那出现反复的几率是比较低的，这段时间还是积极调理身体加强营养也不要有压力的，注意看一下是否月经紊乱等，可以在经期后及时到医院进行彩超来复查，看一下是否有反复的情况。
巧克力囊肿不及时治疗的情况下会发生癌变，但是癌变的几率很低。巧克力囊肿一般属于良性疾病，但是也有可能是恶性。一般的良性巧克力囊肿及时做手术切除后就可以治疗，比较小的巧克力囊肿不需要做任何治疗，而恶性巧克力囊肿在不及时治疗的情况下有可能破裂引起癌变。
