巧克力囊肿不及时治疗的情况下会发生癌变，但是癌变的几率很低。巧克力囊肿一般属于良性疾病，但是也有可能是恶性。一般的良性巧克力囊肿及时做手术切除后就可以治疗，比较小的巧克力囊肿不需要做任何治疗，而恶性巧克力囊肿在不及时治疗的情况下有可能破裂引起癌变。
巧克力囊肿会复发几率多大？大概在百分30左右，不要太担心。巧克力囊肿的临床表现一是进行性加重的痛经，可以在经前、经期、或经后出现，二是月经紊乱，由于巧克力囊肿对于卵巢有破坏作用，造成卵巢不排卵，分泌雌激素的水平也下降，从而导致月经紊乱，三是不孕不育，四是腹痛，主要与囊肿破裂后出现，此外，巧克力囊肿还有可能发生恶变，巧克力囊肿大小不同，恶变率就不同。
如果已经做了手术那出现反复的几率是比较低的，这段时间还是积极调理身体加强营养也不要有压力的，注意看一下是否月经紊乱等，可以在经期后及时到医院进行彩超来复查，看一下是否有反复的情况。
巧克力囊肿癌变的症状是下腹不适感，为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
患有子宫腺肌症和巧克力囊肿，只能说自然受孕的可能性小。应在医生的指导下做相关的检查，如果准备怀孕了，也做b超监测卵泡发育情况，直至观察到排卵，然后在医生的指导下安排同房时间。
