巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种临床表现。因为妊娠可使子宫内膜停止生长，所以巧克力囊肿术后应尽早妊娠可以提高受孕几率。如为腹腔镜手术，可B超监测卵巢卵泡，卵泡大小一厘米左右即可备孕。如为经腹手术，术后一月即可备孕。
腹腔镜巧克力囊肿手术后要怀孕，至少应该半年以上。因为手术后身体需要恢复，需要一定的时间调整。巧克力囊肿手术后，月经可能出现异常，也需要调整。手术后要做好避孕措施，避免发生怀孕，在怀孕前要做一个身体检查，看手术后的恢复情况。
腹腔镜手术后一般是需要禁止性生活2周的，要注意术后的多休息进行静养，不要过早的进行同房的，巧克力囊肿大于五公分时，手术治疗。手术治疗可通过开腹手术或腹腔镜手术，目前临床大部分采用腹腔镜手术的方式。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
腹腔镜手术一定会对卵巢有很大的伤害，不到最后千万不要选择手术，而且手术后试管的成功率会比术前的低，因为术后卵巢功能不行，促排都取不到什么卵子的。发现自已得了巧囊，不要急，下个月来姨妈再复查一下，如果真是巧囊，先看大小，没到手术指标，就去看中医，吃中药调理备孕。
巧克力囊肿腹腔镜手术最佳时间并没有明确要求，需要根据患者的情况来分析。
巧克力囊肿的手术时机并不是很确定，要根据患者的具体病情来决定。卵巢巧克力囊肿最好避开经期进行手术当然，女性在月经结束后3-7日是手术比较好的时间。女性月经来潮后3-7日需要进行输卵管和子宫的检查。如果伴有卵巢朱古氏囊肿，需要进行子宫内窥镜下的子宫不育和双侧输卵管畅通的检测。