卵巢囊肿手术分为开腹手术和腹腔镜下手术两种方式。开腹手术，充分做好术前准备后，在手术室内，由麻醉师进行麻醉，麻醉效果出现后行手术治疗。剖开卵巢皮质后，轻轻地拨除卵巢囊肿，用3-0的可吸收肠线逐层缝合、闭合瘤腔，术中未见明显出血后行卵巢皮质内翻缝合卵巢成形术，手术中尽量多保留卵巢的皮质。巧克力囊肿术中黏连致密，可以行卵巢楔形切除术后，再行卵巢成形术。腹腔镜下手术只是创伤微小。
附件区的囊肿多见长在卵巢上，可根据大小、症状决定治疗方法，有药物治疗、观察和手术切除，手术可分为微创和开腹。如果开腹手术时间和微创手术时间基本一样，术中如果顺利，一般一小时左右。需要在月经干净后一周之内做，这样会避免出血。
胎儿卵巢囊肿属于一种病症，其病因至今尚未确定，至今还在进行中。有人主张该种疾病是由母体和胎儿两方面产生的促性腺激素作用所致，其治疗原则是以观测为基础。
如果不是特别的原因，可以选择做引产。一般都是正常的，不会对孩子今后的学习和生活造成一定的负面影响。确诊之后，需要考虑胎儿的状况，以及有没有严重的内脏异常等因素，然后再考虑是不是要怀孕。
通常情况下，卵巢囊肿是妇科的良性肿瘤。具体情况分析如下：
卵巢囊肿是指卵巢上有囊肿。可分为生理性囊肿和病理性囊肿。子宫内膜异位症是卵巢巧克力囊肿的常见原因。病理性卵巢囊肿是临床上确诊的，应尽早进行外科治疗，月经干净后3-7天到医院做白带化验，没有炎症就入院，同时要做好手术的准备，切除的囊肿要送到病理实验室进行病理检查。
一般来说卵巢囊肿属于卵巢肿瘤，是女性生殖器官一种常见肿瘤。可能会发于一侧，也可能发于双侧卵巢。卵巢囊肿主要症状表现为：1，白带、月经异常，有的患者表现为功能性子宫出血。2，身体多毛，比如上唇、小腹、胸部等部位部毛发增多。3，卵巢可能会增大。4，可能会不孕。5，可能会肥胖。如果卵巢囊肿小于五厘米，可遵医嘱服用金鸡胶囊、桂枝茯苓胶囊、止痛化癥胶囊等药物治疗。如果卵巢囊肿大于五厘米，可遵医嘱考虑选择宫腹腔镜微创手术。