卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿的治疗方式取决年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度。造成子宫附近的变形情况，是否保留生育功能及主观愿望等因素而定。一般采取不同的治疗措施。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
卵巢囊肿是临床上比较常见的妇科肿瘤之一，即使有囊肿也不是同房的禁忌症，对正常性生活影响不大，不过需要注意同房时的力度与体位。如果在同房以后突然出现肚子疼痛，就需要随时看医生，有可能是囊肿蒂扭转或者破裂。所以发现囊肿后，尤其体积大于4.0cm以上时，进行治疗，可以中西医结合同时结合微波或者红外线局部理疗进行治疗，1-2个疗程后复查，必要时不除外手术治疗。
卵巢囊肿的化学治疗为卵巢囊肿的主要辅助疗法。估计手术切除肿瘤困难，术前先用1～2疗程化疗，可提高手术切除术。术后应用化疗则可预防复发，手术切除不彻底者，化疗后可获暂时缓解甚至长期存活，手术无法切除者，化疗可使卵巢囊肿缩小、松动，为再次手术创造条件。这是卵巢囊肿的治疗方法之一。
