卵巢囊肿一般由于局部刺激出现囊肿的情况，如果不严重的话，可以暂时观察，如果有疼痛或者影响生殖功能的话，可以进行手术，切除治疗。也可以用中药治疗，中药治疗女性卵巢囊肿主要是从整体观入手，活血化瘀，清热解毒，全面调节内分泌让气面血活，活跃脏腑，气血是肌体的物质基础，脏腑是气血生化之源，起着分管血的生成，调节血和气的平衡作用，气是血液的原动力。
需要手术治疗。卵巢囊肿是卵巢肿瘤的一种，各种年龄均可患病，但以20—50岁的女性最为多见，多为良性肿瘤，极少数是恶性肿瘤。可以2－3个月检查一次，若囊肿直径大于5厘米，需要手术。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
常规性治疗，患从自身身体保养开始，积极进行锻炼，减少高脂肪、高糖食物的摄取，降低体重。这样可以促使雄激素水平下降，对恢复排卵有利。药物治疗，药物治疗有中西医之分，但都是调节身体，使内分泌激素正常，促进卵巢排卵。仪器治疗，运用电子声影导航仪，将多囊卵巢综合症立体定位，细如发丝的微电极置入囊腔里，吸出囊内积液，再由微电极介入治疗系统将抑制囊肿药物介入，通过电离可使囊肿组织失活。
卵巢囊肿一般是手术治疗为主。卵巢囊肿分为肿瘤性和非肿瘤性两类，其中，与非肿瘤性的那种，一分为生理性和病理性的两种类型。对于生理性的卵巢囊肿，可以不必治疗，可能会自己消失，定期观察即可。对于直径小于五厘米的病理性的卵巢囊肿，可以使用药物治疗或是物理疗法。直径大于五厘米的卵巢囊肿一般需要手术治疗。