功能性下丘脑性闭经的治疗，应该是首选诱导排卵法，或者用尿促性素（HMG）治疗，但仅用于下丘脑GNRH分泌异常，而垂体和卵巢有正常反应的闭经者，给药必须模拟生理性的释放形式，断续的，脉冲式的静脉或皮下注射制药，其次，可用中药治疗，中医养阴补肾与活血补肾法。
由于引起功能性闭经的原因不同，所以治疗方法会有很大的差异。如果是由于垂体微腺瘤导致的闭经，服用药物来进行调理治疗，或者是行手术切除垂体微腺瘤。如果是由于多囊卵巢综合症，导致长期没有排卵而引起的闭经，这时候可以先服用黄体酮让月经来潮以后，再服用药物进行调理治疗。如果是由于卵巢早衰引起的闭经。
通常来说，中医可以通过物理治疗、使用药物等治疗闭经。
1.物理治疗：如果不便于使用药物，建议患者进行物理治疗，比如艾灸肾盂穴、关元穴、太溪穴、神阙穴、太冲穴、中极穴、神阙穴等穴位。
2.使用药物：如果是气滞血瘀导致的，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有逍遥丸、越鞠丸、麝香保心丸等，有助于缓解症状。
减少咖啡因和酒精：含咖啡因、酒精的饮料将刺激某些荷尔蒙分泌，而诱发皮肤发热。饮食中应避免乳制品：酸奶、乳制品、糖、肉类易造成皮肤发热，所以饮食中应尽量避免乳制品。可以多吃生菜、海带、鲑鱼(含骨)、沙丁鱼等。
生理性闭经主要是调整不良情绪，避免压力过大，合理饮食，不要服用减肥药，避免反复人流。病理性闭经还需要积极的治疗病因，同时可以用性激素替代疗法，如果有生育要求还可以诱发排卵，促进怀孕。
