巧克力囊肿有一定癌变几率，所以说病人有一定要积极治好疾病，防止癌变等不良情况出现很重要，病人平时应该定期到医院复查，根据复查结果采用正规化疗法治疗，就能取得很好疗效，不会让疾病变得更加难以控制，还应该多休息，不能过度劳累，也不能总是重体力劳动。
卵巢囊肿虽然有危害，但是影响是很小的，患上卵巢囊肿到底严重不严重也是要根据疾病的性质来决定的。囊肿太大对身体都是不利的，要采取手术治疗。但是单发的，一般不大于五厘米的，就没必要选择手术治疗。对于大多数的女性而言，做手术都是有影响的，虽然说手术可以直接切除，达到治疗的目的，但是手术后也是会落下病根，甚至会因为做手术而引起身体的虚弱。所以不必要手术的情况下千万不要盲目的去选择。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
卵巢巧克力囊肿早期症状表现有性变疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状流血。不正常的经痛：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆。没有采取避孕措施也不会怀孕。
