主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。还有因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾，就容易堆积在宫腔内，而不能经由阴道排出，长期这样，就有可能触发巧克力囊肿。
巧克力囊肿又叫“卵巢子宫内膜异位症”，这是子宫内膜“跑”到了卵巢组织内部，并和子宫同步出现周期性出血，这些陈旧血液，日积月累变成了巧克力样的颜色，故叫巧克力囊肿。形成巧克力囊肿时间是比较久的。调整好自己的心态。有些时候，心理上的压力会导致月经异常。精神上受挫折、压力大等负面情绪，均会造成月经异常，所以女性朋友必需调整好自己的心态，保持良好的心态非常必要。
导致巧克力囊肿的原因有内分泌失调影响及多次分娩或流产，内分泌紊乱是导致巧克力囊肿最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄。多次分娩或流产会导致子宫内膜粘连，引起子宫内膜碎片排出不畅导致。
巧克力囊肿是常见的一种妇科疾病，巧克力囊肿形成原因是房事过多：卵巢巧克力囊肿大多和体内雌激素分泌过高有关，高发于青春期少女或是更年期妇女。因为工作或者生活，长期精神压力过大，会引起植物神经功能紊乱，导致内分泌的失调，从而形成巧克力囊肿。
是由于内分泌因素，性生活频繁，输卵管阻塞，压力过大等因素导致的，压力过大是导致卵巢巧克力囊肿的主要因素，长时间精神压力太大、可以导致植物神经功能紊乱、影响内分泌调节，则导致卵巢功能过早衰退，雌激素的分泌减少，垃圾排不出来，在卵巢里便形成了囊肿。