先采用药物疗法。药物的应用一般仅限于治疗较早期的输卵管卵巢脓肿。如经药物治疗虽取得疗效，但所遗留的包块尚大，常需再用手术将病灶切除。在药物治疗的过程中必需随时警惕脓肿破裂的可能，如脓肿突然发生自发性破裂，脓液大量溢入腹腔中可以危及生命，此时必须立即进行手术治疗。
治疗以切开引流或将脓肿切除为主。选用有效抗生素。选择广谱抗生素以及联合用药，或根据药敏试验选用抗生素。手术治疗主要用于抗生素控制不满意的输卵管卵巢脓肿或盆腔脓肿。可根据情况选择经腹手术或腹腔镜手术。
盆腔脓肿症可以中医治疗。平时要高能量饮食，注意水、电解质平衡，必要时输液，输血，输清蛋白，提高机体的免疫和防御能力；注意个人卫生、增加营养、锻炼身体、增强体质、注意劳逸结合、提高机体抵抗力。
中药腹部外敷治疗，盆腔脓肿外敷中药可以有广谱的抗菌作用，又能促进组织血液循环，扩张血管，改善组织微循环，改善组织营养，促使炎症感染过程终止，从而达到活血散瘀，消肿止痛，除热解毒，凉血的功效。
盆腔脓肿初期应住院给予抗生素药物治疗为主的综合治疗。根据药敏试验选用抗生素较合理，但通常需在获得实验室结果前即给予抗生素治疗，因此，初始治疗往往根据经验选择抗生素。
