巧克力囊肿的治疗办法就是怀孕，能够引起异位的内膜脱落，让囊肿消失。其次就是药物治疗，小于5厘米的时候可以考虑药物，西药是避孕药一类的，中药是活血化瘀一类的。最后考虑手术治疗，手术治疗很多还是会复发的。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不能过度的劳累。选择腹腔镜手术，至少休息一个月方可上班，而且不可从事重体力劳动。不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息。
巧克力囊肿可采用腹腔镜手术，在腹腔镜下对囊肿进行切除。术后打针阻断内膜异位症的复发，阻断巧克力囊肿复发可以用一些药物。手术刀口较小，对身体的损伤和痛苦也会小很多。
巧克力囊肿不及时治疗会引发多种疾病。巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有以上的会累及双侧卵巢。随着病情的发展，会引发许多其他疾病。去正规专业的医院治疗，积极配合医生，一定会好起来的。
目前卵巢巧克力囊肿比较大，需要做手术处理。术后是否会复发，因人而已，需要复查着看。放松心情，避免心理压力过大，注意休息，避免剧烈运动，不要吃辛辣刺激性食物，遵从医嘱，积极配合医生治疗。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
