生殖器官不健全或发育不良。有的人先天性无卵巢、卵巢发育不良或卵巢坏死，不能产生雌激素和孕激素，因此子宫内膜不能发生周期性的变化，也就不会出现子宫内膜脱落，所以也就没有月经来潮。
引起闭经原因有很多，排除器质性病变，多考虑是卵巢功能低下引起的。卵巢功能出现衰退，雌激素分泌会减少，造成月经稀发、少量甚至引起闭经。对卵巢功能衰退引起的月经不调、闭经等症状有很好的疗效。另外，出现闭经的女性一定要避免长期熬夜工作，长期熬夜会直接耗伤女性经血、损伤肾气，影响卵巢功能，从而加重病情。
通常闭经性头痛的病因可能是女性雌激素水平变化、前列腺素的释放、遗传等因素相关。
1、雌激素水平：女性雌激素水平偏低，可能会增加偏头痛的发生率。因为雌激素可能会影响神经递质，从而改变大脑内血管活性肽类物质含量，导致头痛发作。
2、前列腺素的释放：经期雌、孕激素的降低可能会使、前列腺素释放，而过量的前列腺素可能会引起头痛症状。
3、遗传因素：部分女性因激素变化而容易引发头痛可能是头痛家族遗传史导致的。
如果说女孩从出生来，从未来过月经，考虑是原发性闭经。常见的原因有性腺发育障碍，米勒管发育不全以及下丘脑功能异常等，诊断时要重视染色体核型分析。如果说月经已经初潮，但是已经连续停止3个周期以上，考虑可能是多囊卵巢综合征，高催乳素血症，卵巢早衰等。
引起闭经的原因有下丘脑性闭经、垂体性闭经、卵巢性闭经、子宫性及下生殖道发育异常性等。闭经是女性由受到各种因素的影响，导致女性过年龄未出现过月经或月经周期已建立后又停止的一种常见的妇科症状，是女性生理变化外在表现。
有生理性闭经，如怀孕期间和哺乳期间还有病理性闭经，病理性闭经是由于体内的激素水平紊乱造成的，月经不调，应该先去医院做一下B超检查，排除其他原因引起的两个月不来月经，排除怀孕的可能。