巧克力囊肿在临床上最主要的症状会出现经期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐渐加重的趋势，表现为月经不规律、月经量的改变。临床上还会出现反复的下腹部疼痛。由于巧克力囊肿不仅可以引起卵巢局部的变化，还可能会导致盆腔组织粘连，会引起下腹部疼痛，这种疼痛常常是在月经期或者性生活的时候疼痛加重，对于卵巢巧克力囊肿，临床上一旦发现建议尽快给予手术治疗。
巧克力囊肿彩超有子宫脱落不良的特征，巧克力囊肿会出现小腹肿胀，浑身无力，精神不佳，食欲不振等特征，有可能是遗传引起的一种疾病，当外界因素不良的时候也会引起巧克力囊肿，日常生活中要少去一些潮湿阴冷的环境活动，少去一些有化学物的环境活动。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
巧克力囊肿通常会出现月经不调、痛经、性交痛和不孕不育等症状，早期的月经一般还是正常的，随着病情的发展逐渐出现月经不正常和痛经的变现。囊肿破裂可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。其次是性交疼痛。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术。手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
