巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
卵巢巧克力囊肿的发病主要原因与分娩，多次流产等有关，产后脱落的子宫内膜种植在宫颈、阴道、盆腔内，以及反复的人工流产术，通过负压吸引至盆腔内。另外，妇科的某些小手术，如输卵管通气或通水，宫颈电烫、冷冻等，都可能使月经期脱落的内膜在此种植，日后形成子宫内膜异位症。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名卵巢巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿。是由于子宫内膜异位波及卵巢，在卵巢内形成巧克力样粘稠液体的囊肿。病人常有进行性加重的痛经、性交痛、不孕以及月经失调。巧克力囊肿可采用药物或（和）手术治疗（保守性或治疗性）。迄今为止，除治疗性手术外，尚无一种理想的治疗方法。
导致水肿。卵巢囊肿病患除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。危害，发生癌变。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给病患带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。
卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是正常的子宫内膜异位到了卵巢导致的，具体的原因是很难判断的，相对治疗起来是比较繁琐的，如果囊肿的体积比较大有可能要选择手术治疗，之后可能还要补充药物治疗。