其病理病因目前尚不清楚，可能与内分泌失衡有关，女性内分泌不协调就会导致体内雌激素和雄激素不能正常分泌，但这并不一定会导致卵巢巧克力囊肿，子宫内膜异位到卵巢的同时，还受激素影响逐渐增厚，这便有可能形成卵巢巧克力囊肿。也有的认为流产、打胎有可能会引发此类疾病。
卵巢内的经血越积多，会形成囊包，外观呈巧克力糊状，是形成卵巢巧克力囊肿的原因。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发进行破裂，再经前期性生活，粗暴或剧烈时会导致囊肿破裂。
主要是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢上，并且随着卵巢周期性的变化而发生变化，比如在周期性的子宫内膜脱落出血形成临床月经的时候，种植在卵巢上的子宫内膜也会出现周期性的出血现象。
内分泌因素：内分泌失调对囊肿形成有重要影响。输卵管阻塞：输卵管发生气质型病变，发生堵塞现象，则排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。性生活频繁：性生活频繁也是导致卵巢巧克力囊肿的重要原因。流产过多。
内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果患者长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。还有就是因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题。
患有巧克力囊肿是因为内分泌失调所致。卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。如果确诊了就应该及时治疗。