短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿，腰里疼痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，平时要注意经期避免剧烈的活动，注意自身保暖，避免感寒着凉。防止复发。
主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。痛经的症状明显减轻，无阴道出血现象，无下体疼痛现象，这些都可以判断巧克力囊肿是否治好。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿。
巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿平时会引起痛经明显，可结合B超检查帮助诊断，确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。对于5厘米以上的囊肿，应尽早手术治较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。目前治疗以微创腹腔镜下手术治疗为主，伤口只有三个小孔，损伤小，恢复很快。
巧克力囊肿，做B超是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊。巧克力囊肿是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。