主要靠病史、症状和体征。常见的检查有：妇检、超声诊断、MRI、CT、腹腔镜及实验室检查。痛经的症状明显减轻，无阴道出血现象，无下体疼痛现象，这些都可以判断巧克力囊肿是否治好。
巧克力囊肿平时会引起痛经明显，可结合B超检查帮助诊断，确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。对于5厘米以上的囊肿，应尽早手术治较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。目前治疗以微创腹腔镜下手术治疗为主，伤口只有三个小孔，损伤小，恢复很快。
短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿，腰里疼痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，平时要注意经期避免剧烈的活动，注意自身保暖，避免感寒着凉。防止复发。
巧克力囊肿，做B超是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊。巧克力囊肿是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。
巧克力囊肿平时一般会引起痛经明显，这可结合B超检查帮助诊断，进一步确诊要通过手术切除到组织送病理检查明确。一般对于5厘米以上的囊肿，应尽早手术治疗较好，以免囊肿继续增大，影响增大也会对生育不利。
b超能确定巧克力囊肿吗，做b超只能是个大概的判断，典型的巧克力囊肿可以根据B超检查的声像图来做大概的判断，但确诊的确是要做病理检查才行的。所以B超不可以确诊巧克力囊肿。