巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
左侧巧克力囊肿的治疗方法为手术，保守治疗的方法多是利用假绝经疗法。妊娠及产后很长一段时间的闭经，对其病灶有很好的治疗作用。如果急着怀孕，可以先试妊娠，能怀孕则可以等生完孩子再考虑手术问题。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名卵巢巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿，是由于子宫内膜异位症波及卵巢在卵巢内形成含有巧克力样粘稠液体的囊肿。肿块的大小不一，大的直径可在十厘米以上。常有进行性加重的痛经、性交痛、不孕以及月经失调。妇科检查时盆腔有触痛性结节。卵巢巧克力囊肿的治疗要根据年龄、囊肿大小、痛经程度、有无生育要求等综合考虑，分别采取药物、保守性手术直至好的性手术治疗。
左侧卵巢巧克力囊肿可能会出现腹痛，大部分是因为瘤蒂发生了扭转所导致的，可能是发生肿瘤破裂、出血感染所致；腹围增粗；腹内肿物；不孕；月经失调；痛经以及性交痛的症状。
巧克力囊肿是导致女性不孕症发生的常见原因，也是子宫内膜异位症的常见的表现形式。由于内膜开始在女性的卵巢进行生长，但是在生理期的时候这一部分的内膜并不会随着离开自己的，而是在卵巢的位置淤积，随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症，这种囊肿影响怀孕，并且可以出现经期腹痛，会逐渐加重。如果是大的巧克力囊肿或者影响怀孕，可以做手术治疗。如果是小的巧克力囊肿，没有明显的痛经，也可以用药物治疗。