良性卵巢肿瘤，要切除患侧卵巢肿瘤，手术时一定要检查对侧的卵巢情况，如果对侧也有肿瘤则必须切除，同时做病理检查.但术后易复发.恶性肿瘤者：手术是首选方法，其手术范围要广，一般都切除全子宫，双附件加大网膜.手术后还须进行化疗、放疗。
生理性的卵巢囊肿直径不会超过5厘米。直径小于4厘米的生理性卵巢囊肿都可以不用治疗，病人只要做好定期的检查观察就行。超过4厘米就要手术切除了，应该观察一段时间。看消失还是增大。
卵巢囊肿的检查需要医生指导下的药物控制，平时应注意定期复查。如果文窝囊肿超过5厘米，就去医院做手术。治疗卵巢囊肿时避免进食。平时，不吃辛辣食物，也不吃海鲜饮食，避免吃发制品，以免加重刺激。
卵巢生理性囊肿时，大多没有明显的自觉症状，只是在查体时偶尔发现。病理性囊肿症状主要依据肿瘤的大小、肿瘤的部位，以及是否伴有其他内分泌方面的改变。有部可能没有明显的自觉症状，而部分则表现为下腹坠胀不适、下腹痛、月经异常、阴道流血淋漓不断、痛经。
卵巢囊肿一般体积大于四五公分以上，同时伴有疼痛，腰酸，肚子坠胀不舒服的情况应该手术。目前卵巢囊肿的手术分为两种方式，一种是开腹传统的手术，还有一种是目前需要腹腔镜下做的，相对来说腹腔镜属于微创，是不需要开刀，只需要在肚子上打几个小眼就可以做了。
如果恶性肿瘤一般不会缩小，只会越长越大的。如果囊肿透声比较差，或者是囊实性的肿物，或者是肿瘤标志物数值偏高的情况下，是要选择手术治疗的，因为这就不是单纯的囊肿了。