激光和电灼疗法：适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，微波治疗：也适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，不出血和复发率低，无烟雾，无空气污染。缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口需预防感染。
人乳头瘤病毒的治疗方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
1、物理治疗：有电灼，利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。
2、药物治疗：常用的药物为咪喹莫特乳膏治疗，适用于局部肿瘤的消除和局部病灶的清除。此外还可以使用免疫抑制剂，通过白介素类药物，增强病人的自身免疫功能，排除阳性体征。
肛乳头瘤治疗方法：肛乳头瘤主要表现为平时感到肛门内有异物感，随着乳头增生肥大，排便时乳头可脱出肛门外。药物治疗无效，局部炎症不减轻，反复发作者，可考虑手术治疗。肛乳头切除术：小的肛乳头可直接切除，乳头大的则需要用线结扎基底部后切除。
人乳头瘤病毒感染根据分型，治疗方式存在差异。
例如人乳头瘤病毒感染低危型，在不引起宫颈病变的情况下，病毒可由本身抵抗力清除。人乳头瘤病毒并不引起宫颈病变，属慢性宫颈炎之类可应用促病毒消失药物，如干扰素、生物蛋白敷料，及保妇康栓之类的药物，以有助于人乳头瘤病毒的去除。高危的情况下，可能需要手术进行治疗。
对一些症状比较轻的病人，非手术疗法仍然是主要的治疗方法。瘤体较大或症状重者手术治疗。对早期疾病采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。
防止便秘和腹泻。保持肛门清洁，勤换内裤，坚持每日便后清洗肛门，对预防感染有积极作用。不要久坐湿地，以免肛门部受凉受湿，引起感染。一旦发生肛门直肠周围脓肿，应早期诊治，以防蔓延。及时治疗溃疡性结肠炎、肠结核等可引起肛周脓肿的全身性疾病。