多囊卵巢治疗好了怀孕了可以流产的，但是应该慎重的考虑一下，因为流产手术对身体的影响大，多囊本身就不容易怀孕，如果做流产，那很可能会导致不孕症的，所以应该注意安全即可。
轻微的多囊卵巢或者偶尔排卵的情况下有了性生活，是能够自然怀孕的。多囊卵巢是女性常见的妇科内分泌疾病，其中一个很重要的影响会引起排卵障碍，所以多囊卵巢是常见的引起不孕的因素。但是并不意味着多囊卵巢无法自然怀孕，多囊卵巢只是提示女性受孕的概率比较低。多囊卵巢自然怀孕一定要与多囊卵巢所引起的月经推迟相鉴别，避免造成怀孕的漏诊。多囊卵巢怀孕以后一定要注意早期观察，定期孕检，观察胎儿的生长发育情况，避免发生早孕流产。
多囊卵巢胎停的风险要高于正常情况下的胎儿。
这与胰岛素抵抗、高雄、内分泌失调等因素密切相关。这种情况下，孕妇要做好长时间的监护，最起码要监测3个多月，看看是否存在胎儿停止的危险。下腹部有轻微的疼痛或是有轻微的流血现象，需要及时到专业的医院进行全面的检查，由医生进行保胎。由于存在着胎儿停止的风险，所以多囊卵巢的发病率要高于普通人，出现2-3次以上的多囊卵巢导致的胎停育，要及时到正规的医院进行调理，由于卵子的生长周期一般是3个月，最好是怀孕前2-3个月，之后才能怀孕，这样孩子会比较好，出现胎停的可能性也会小一些。
如果是多囊卵巢，有可能会有不排卵的现象，如果不排卵，那么有可能会影响到怀孕的，有的人是可以怀孕的，但也有的人是治疗效果不太好，而且还会影响到今后的怀孕。
多囊卵巢怀孕以后不一定会发生胚胎停育的情况，胚胎停育也可能是其它原因所引起的。多囊卵巢一般会有卵泡发育异常以及不排卵的情况，如果怀孕了，一般可以正常妊娠，发生胚胎停育的情况并不多的。有多囊卵巢还需要用药进行治疗。