巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位子宫内膜发生脱落出血，在卵巢形成类似巧克力样的包块。发现恶性卵巢肿瘤者，应先予手术，术后予以中西药综合治疗。注意休息，良好的睡眠，避免过度劳累，清淡营养饮食，戒烟，戒酒。
卵巢巧克力囊肿多为单侧，部分波及双侧，初始病灶表浅，卵巢表面可见红色或褐色斑点或小囊泡，随着病变发，囊泡内因反复出血积血增多，而形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿，因囊肿内含暗褐色粘稠陈旧血，似巧克力液体。属炎症。
巧克力囊肿不是炎症，卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种常见类型。因其周期性出血，陈旧血液聚集似巧克力样而得名。异位的内膜来源于子宫内膜组织，这些组织转移到宫腔以外的部位，种植和生长。
巧克力囊肿妇科检查时常可触及一侧或两侧输卵管增粗或肿块。质实兼有囊性感，呈腊肠样或形状不规则，有轻触痛，活动常受限。排液后肿块缩小。液体积聚后又复增大。阴道排液为黄色水样液体，一般无臭味，量多少不一，常呈间歇性。这是本病最具特异性的症状。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。