中医讲究辨证论治。卵巢囊肿根据舌脉表现，痰盂凝结，痰饮停聚而导致气机气滞血瘀，痰饮与瘀血互结阻滞，或气虚血于导致血凝成于，发展为卵巢囊肿。可以区分为气滞、血瘀、痰湿及毒热的证型，需要根据不同证型而用药治疗。
卵巢囊肿与遗传因素、内分泌因素、环境因素、生活方式等诸多因素有关系。卵巢囊肿分为生理性的卵巢囊肿和病理性的囊肿，生理性囊肿可见于黄体囊肿、卵泡囊肿，这些囊肿可随着女性月经周期排卵可消失。生理性的卵巢囊肿可以不必处理，观察即可。
卵巢囊肿是属于一种炎症的表现，可以出现有疼痛的情况，主要是采取药物进行消炎和活血化瘀进行对症治疗，同时可以配合中医理疗红外线照射，热敷，艾灸等，这些都可以起到一个炎症消散的作用。不要有太大的心理压力，平时要养成良好的生活习惯，要积极的锻炼身体，增强体质，注意休息，保证睡眠。
卵巢囊肿的原因有生理性囊肿，如滤泡囊肿、黄体囊肿。病理性囊肿，如巧克力囊肿，浆液性囊腺瘤，黏液性囊腺瘤等。盆腔炎症引起的输卵管卵巢囊肿。对于盆腔炎症引起的输卵管卵巢囊肿，可以对症抗炎治疗，病情进一步发展，可以手术治疗。
导致卵巢囊肿的原因有很多，一般与遗传因素、内分泌水平、心理压力、乱用激素类药物、滋补品等有一定的关系。饮食结构不合理、生活习惯不好、进食的食物受到污染都有一定的关系。患有卵巢囊肿要引起注意，此时容易出现感染、卵巢肿瘤、卵巢囊肿蒂扭转等疾病。如果是单纯的卵巢囊肿比较小，对身体一般没有影响，但是需要定期复查。
怀孕卵巢囊肿可以是由于遗传因素造成的，还有是因为卵巢囊肿基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。