如果是在腹腔镜下做的手术，创伤比较小，医生需要看病人恢复情况，一般术后第二天或第三天就可以出院了。如果是普通开腹手术，恢复的时间要长一些，医生需要看恢复情况。一般一个星期左右。
腔镜微创手术治疗，一般在手术以后需要休息2-3周左右的，在近期工作时，也不要过度劳累，注意休息，不要受凉。另外在恢复期间，一定要加强营养，不要食用生冷辛辣刺激性食物，定期去医院复查恢复的情况，不能进行剧烈的运动。
如果做的微创手术，一般创伤小，恢复比较快，手术后三天就可以出院了。可以考虑用孕激素，可以降低巧克力囊肿复发的几率。一个月以后再去医院复查。饮食是多吃一些瘦肉类的食物，有助于身体的恢复，平常注意健康饮食，少吃一些辛辣刺激性的食物。
良性卵巢囊肿，腹腔镜下可进行卵巢囊肿剥除手术或卵巢囊肿病灶切除术，术后3-5天可顺利出院。恶性卵巢囊肿，手术范围较大，切除范围较广，对病人损害较大，术后出院时间7-14天不等，根据每位病人恢复情况决定出院时间。恶性卵巢囊肿还应考虑术后是否进行放化疗，继续放化疗的病人，住院时间较长。
卵巢囊肿术后一般1个月可以同房。
卵巢囊肿手术之后，通常要禁欲一个月。术后妇女身体的免疫力和抵抗力都会下降，一般要休息一个月才会痊愈。术后一个多月内可以有性生活，体质好、恢复的比较好。不过在同房的时候要温柔，不要做的太过激烈，在同房之前和之后要保持良好的个人卫生。如果出现身体不适，建议及时就医进行治疗。
一般来说，如果是单纯的卵巢囊肿，需要做腹腔镜手术，一般在术后3个月左右就能准备怀孕。
但是，如果是卵巢巧克力囊肿，可以通过肌肉注射曲普瑞林等药物来控制巧克力囊肿的复发，但是这种情况下一般要半年后才能怀孕。而且服用曲普瑞林后，会有假绝经，短时间内可能也无法怀孕。患者备孕期间可以服用叶酸，养成良好的作息习惯。