巧克力囊肿，做B超是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊。巧克力囊肿是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态。
抽血可以检查出是否是巧克力囊肿还是炎性刺激所引起的囊肿。日常生活中少吃辛辣刺激的食物，每晚温水清洗外阴，保持局部清洁，内裤开水消毒，性生活洁净，尤其是例假期间尽量避免剧烈运动，禁止性生活。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
巧克力囊肿的初步诊断，主要是根据B超检查结果来判断。要结合病史综合性的分析，巧克力囊肿常常伴有痛经的情况，并且呈持续性加重的状态。巧克力囊肿大约有40%-50%的人，在有不孕不育的病史。所以，除了做B超检查，还要结合病史综合性的分析。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
