巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿并不是一定会复发的，这种疾病会有一定复发几率，只要病人做好预防复发的工作，也就不会出现反复发作的情形，首先要就诊专科医院进行手术，这样可以保证手术效果，只要切除囊肿就可以降低复发几率，其次要做好术后护理工作，术后饮食要合理搭配，不能过度劳累。
巧克力囊肿疾病的复发概率在百分之十三左右。手术之后护理恰当，定期做好复查工作，注重平时的运动锻炼，月经期严禁房事，保持外阴及阴道的清洁，提高身体的抗病能力，可以防止巧克力囊肿疾病的复发。
巧克力囊肿复发率在半年内是比较高的，复发几率大概在13.9%左右，所以说在治疗疾病6个月之内一定要做好定期复查的工作，预防疾病反复发作很重要，平时应该养成良好生活和饮食习惯，不能总是接触一些含有激素的东西，而且平时还应该注意劳逸结合，不能过度操劳。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
