现代医学一般采用手术切除囊肿，痛苦大，潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作，学习和生活有一定影响，放疗，化疗易损伤正气及机体正常细胞，使免疫功能降低，痛苦较大，费用也大，激素类药物易引起肝，肾等其他脏腑功能正常，也会对药品产生依赖性。对卵巢囊肿的治疗基本上分为保守疗法和开刀抽取疗法。
目前国内外医学界针对卵巢囊肿的治疗、采用最多的就是用奥洛克超微创技术治疗、通过高技术、医生能一目了然、清楚直观地发现卵巢囊肿并施行手术、检查、治疗同时进行、将创伤减低至最低限度、安全精准超微创技术与传统手术相比、不需要开刀、损伤小、术后恢复更快、是痛苦最小的卵巢囊肿治疗方法。还可以吃药治疗。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性的囊肿两种。生理性不需要治疗，可以自行消失。病理性卵巢囊肿需要药物保守或者是手术治疗。卵巢囊肿的预防不能有过多的精神压力。要有良好的心态应对压力，劳逸结合，不要过度疲劳。
卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
卵巢囊肿多数是由妇科炎症引起的，先吃一些抗炎药物等月经干净，三天之后需要复查彩超，看是否有减小的趋势，囊肿大小不超过五厘米，如果有效果当然更好，如果观察超过五厘米，可以考虑手术治疗。
卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位、体积、大小、生长速度，是否保留生育功能以及的主观愿望等因素而定。一般多采用手术治疗，排除卵巢非赘生性囊肿，如囊肿大于五厘米，需手术治疗，包括开腹手术、腔镜手术。常用术式为卵巢囊肿切除术、卵巢囊肿剥除术。