肛瘘一旦产生就不能自愈，药物只能缓解。仪器治疗可采用HCPT微创技术、吻合器痔上黏膜环切术、高频电刀无痛治疗术、多普勒引导下的痔动脉结扎术，铜离子电化学治疗和普通的注射疗法，传统的外剥内扎加括约肌松紧术等。这些治疗都有一个特点就是无痛微创，恢复快，不需要住院，对病患的生活和工作影响小。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
肛瘘就是肛管和肛周皮肤之间有个相通的感染性的管道，如果是哺乳期得肛瘘，如果用药会通过乳汁就是进入到婴儿的体内，所以哺乳期可以暂时不做治疗等到哺乳期结束以后再做肛瘘的治疗。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。
