巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。
卵巢囊肿虽然有危害，但是影响是很小的，患上卵巢囊肿到底严重不严重也是要根据疾病的性质来决定的。囊肿太大对身体都是不利的，要采取手术治疗。但是单发的，一般不大于五厘米的，就没必要选择手术治疗。对于大多数的女性而言，做手术都是有影响的，虽然说手术可以直接切除，达到治疗的目的，但是手术后也是会落下病根，甚至会因为做手术而引起身体的虚弱。所以不必要手术的情况下千万不要盲目的去选择。
卵巢巧克力囊肿做手术的费用是7000元-10000元。一般手术的价格与很多因素有院系：治疗的方法、医院的定价、医疗设备等。包括，术前检查费用、手术治疗费用、术后消炎费用等。现在治疗巧克力囊肿的方法主要有：药物治疗、传统开腹手术、宫腹腔镜手术治疗。
卵巢囊肿一般在5cm以内通过服用药物采取保守治疗；在5cm以上医生会手术治疗。卵巢囊肿不及时治疗，否则可引起内分泌失调、下腹疼痛水肿；如果怀孕容易引发流产；严重者可以导致不孕等情况发生。