巧克力囊肿的本质是子宫内膜异位症，子宫内膜本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。但是因为某些原因，现在医学目前还不清楚，子宫内膜出现在别的地方，例如卵巢。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
性交疼痛，当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜，或卵巢粘连在盆底时候，都可能产生性交疼痛。巧克力囊肿患有不孕，大多是因为病变造成盆腔粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起的。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
巧克力囊肿食疗禁食辛辣生冷刺激，增加营养，多吃瘦肉，鸡蛋，牛奶，海产品等优质蛋白，多吃蔬菜水果，多吃豆制食品，适当活动，避免剧烈运动，注意手术后一个月禁忌性生活，每晚温水冲洗外阴，保持外阴清洁干燥，有不适及时去医院检查。