巧克力囊肿特点是痛经，月经不调，性生活出现痛疼，不孕等。痛经为巧克力囊肿的主要症状，同时也是最容易被忽略的症状表现，月经过多，月经血量多，也是巧克力囊肿的常见症，性生活痛是一个明显的信号，还可能会出现滴状的出血，而且常于月经前较为明显。
巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
主要表现有痛经、下腹痛、不孕、月经异常和性交痛。但也有25%病人无任何症状表现。痛经及下腹痛：痛经是子宫内膜异位明显的症状，通常是继发性、进行性加重。这种病症下的痛经在每次来月经时开始，持续至整个经期。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，不是不想手术，就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
出现巧克力囊肿症状要警惕，巧克力囊肿囊壁常常很薄脆，具有一种自发破裂的倾向。破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并与周围组织形成粘连；如破口较大，则无法自行愈合，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激周围的腹膜，引起剧烈的腹痛，如果处理不及时，还可能导致弥漫性腹膜炎，造成致命的后果。
