冲击波经过路径的所有组织都可能会损伤。所以在体外碎石后，有可能会出现皮肤有瘀斑，这就是冲击波造成的。如果比较严重，输尿管受损，情况较轻的会有写出血，造成血尿，可能会持续一两天。严重者可能会被击破。
体外冲击波碎石术是应用B超或X线进行结石定位，通过测量皮肤与结石之间的距离，调整碎石机，将体外产生的冲击波聚焦于体内的结石位点上，产生一系列的物理学效应，从而使结石碎裂。
体外冲击波碎石主要用于肾输尿管上段的结石，是应用B超或x线对结石定位，然后用高能的冲击波作用结石，使结石裂解，随着尿液排出。如果有以下情况，是不能进行碎石的，如结石远端的尿路梗阻，妊娠，出血性的疾病，严重的心脑血管疾病等。另外碎石以后，大部分患者会出现暂时性的肉眼血尿，还有少部分可以出现肾周血肿。感染的患者需要抗感染治疗以后再进行碎石。碎石如果比较多可以引起石街，出现腰痛感染。
体外冲击波碎石不疼的，体外冲击波碎石术，是通过体外的碎石机产生冲击波，由机器聚焦对准人体里面的结石，经过多次释放能量，最后击碎体内的结石，使得结石随着尿液排出体外。
冲击波治疗的副作用也是比较明显的，包括局部组织的红肿，皮下出血，瘀斑，疼痛等，但绝大多数都是一过性的，治疗后1-2天就可以缓解或者消除。冲击波是非常安全，有效的治疗软组织慢性炎症，骨折延长愈合和疼痛等疾病。
体外冲击波碎石，如碎石频率过快，间隔时间过短，或者碎石能量过大，可导致泌尿系统的挫伤。因长时间停留的结石可能与周围组织形成粘连包裹，在碎结石的过程中，导致局部出现微小的挫伤，在愈合过程中可出现输尿管或者碎石部位的狭窄。