首先要到权威的医院去检查一下现在的囊肿到底有多大，还有就是现在的囊肿有没有收到压迫，有没有其他的一些症状，会不会引发其他的并发症，最后在采取相应的措施再进一步的治疗。主要治疗方法有药物抑制囊肿的生长。对囊肿进行穿刺引流。
采用微化中药渗透中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
肾脓肿采用以下的方法治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。CT示囊肿CT值较无感染囊肿CT值增高，囊壁增厚，注射血管造影剂后囊壁显影增强。囊肿位于肾上、下极或侧缘者，在B超引导或CT引导下穿刺抽吸囊肿液送常规检查及细菌培养，用生理盐水冲洗囊腔。
肾脓肿主要是抗炎治疗，必要时手术治疗或引流手术治疗，抗炎口服药物，配合治疗。个体差异的不同，每个人治疗后的效果也不同，如病情没有大的起色，还需及时的去医院再次诊治，让医生依据病情，及时的调换药物，使病情得到合理的治疗，从而减轻不良症状。
肾脓肿采用下面的方法治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿依然在扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。如果错过了最佳的治疗时间，进入终末期肾功能衰竭时，应立即予以透析治疗，首选血液透析。多囊肾的肾移植生存率与其他原因而施术者相仿，但因同时伴发的疾病，增加了术后处理的困难，影响移植效果。
肾脓肿需要去泌尿外科进行药物的对症处理，如果使用了敏感的、高效的药物，可以在一个星期内缓慢的消失，从而得到完全的治愈。
积极治疗一星期以后，抗生素的应用依然没有任何作用，脓肿没有消失，也没有继续扩张，蔓延，会引起发烧，寒战等症状，这是因为保守疗法不管用，需要更换抗生素，还要做B超和CT引导下的抽吸引流，这样才能将脓液从脓腔内排出，并且在初期应用一些抗生素。
