采用微化中药渗透中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
首先要到权威的医院去检查一下现在的囊肿到底有多大，还有就是现在的囊肿有没有收到压迫，有没有其他的一些症状，会不会引发其他的并发症，最后在采取相应的措施再进一步的治疗。主要治疗方法有药物抑制囊肿的生长。对囊肿进行穿刺引流。
肾脓肿需要去泌尿外科进行药物的对症处理，如果使用了敏感的、高效的药物，可以在一个星期内缓慢的消失，从而得到完全的治愈。
积极治疗一星期以后，抗生素的应用依然没有任何作用，脓肿没有消失，也没有继续扩张，蔓延，会引起发烧，寒战等症状，这是因为保守疗法不管用，需要更换抗生素，还要做B超和CT引导下的抽吸引流，这样才能将脓液从脓腔内排出，并且在初期应用一些抗生素。
肾脓肿治疗7至10天，患者需要积极进行对症治疗。
脓肿的大小和处理方法是密切相关的，脓肿早期可以在7-10天内得到控制。肾脓肿是由多个小脓肿组成的，随着时间的推移，会逐渐增大和合并，最终会变成一个巨大的肾盂，表现为腰部酸痛、怕冷、发烧。临床上会有高烧的表现，主要表现为：金黄色葡萄球菌。建议选择使用三代头孢菌素，如使用抗生素后仍无改善，建议在B超和CT指导下进行脓肿穿刺引流。
肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。