穿刺疗法，可以采取B超引导下肾囊肿穿刺的方法，穿刺将囊肿的液体完全抽出，然后注于药物，从而使囊壁不再分泌一些液体。对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，以缓解膀胱刺激症状，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术；药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状。
可用中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。
采用微化中药渗透中医疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，直至不再分泌；腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点。
肾脓肿采用以下方法治疗比较好：首先要进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然在扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。手术治疗也是患者推荐的治疗方法之一，手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。双侧均应手术，一般双侧手术的间隔时间为半年以上。
