肾脓肿主要是抗炎治疗，必要时手术治疗或引流手术治疗，抗炎口服药物，配合治疗。个体差异的不同，每个人治疗后的效果也不同，如病情没有大的起色，还需及时的去医院再次诊治，让医生依据病情，及时的调换药物，使病情得到合理的治疗，从而减轻不良症状。
对于比较严重的肾囊肿患者，那这是可以采取手术治疗，不过需要注意的是手术治疗，这只是适用于单侧肾囊肿患者，一般情况下单肾囊肿，可以在引导下做穿刺抽吸并向囊中，内注射药物即可治疗。只有在必要时才做手术切除的，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。一般情况下饮食作为一种辅助治疗的手段，效果是比较好的，但是针对不同的患者，饮食一定是要合理的选择，宜食含优质蛋白质高的食物，注意高纤维、高维素食物的补充及低脂肪，适当的糖饮食。避免辛辣、过咸、油腻、煎炸及不卫生饮食等，遵医诊治并做好复诊。
可用中医治疗，采用微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，从而使得囊内液不断回收，不断减少，直至不再分泌；腹腔镜肾囊肿去顶减压治疗，分为腹腔入路和后腹腔入路，创伤小，恢复快，减压彻底。
肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
可以进行b超或者ct引导下穿刺引流，将脓液引流的同时再使用抗生素类的药物，可以达到良好的治疗效果。全身治疗，患者要卧床休息，输液，多饮水，维持每日尿量达1.5L以上，有利于炎症产物排出。
肾脓肿采用以下方法治疗比较好：首先要进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然在扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。手术治疗也是患者推荐的治疗方法之一，手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。双侧均应手术，一般双侧手术的间隔时间为半年以上。