通常情况下，多发性宫颈囊肿原因是宫颈糜烂新生上皮，堵塞腺管口导致的。具体情况分析如下：在修复过程中，宫颈转化区新生鳞状上皮细胞逐渐取代柱状上皮细胞，当新生鳞状上皮细胞覆盖宫颈腺管口，或者伸入宫颈腺管，堵塞腺管口，当腺管周围的结缔组织增生或疤痕形成时，由于腺管狭窄，甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻，潴留形成多发性宫颈囊肿。
宫颈囊肿是慢性宫颈炎的一种病理表现。形成原因与脸上的青春痘相似，在宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞。腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。
一般情况下，子宫颈囊肿是一种慢性宫颈炎的临床表现，具体分析如下：
主要是由于子宫颈的纳氏腺腺管堵塞、腺管内分泌物增多、内容物流出不顺畅等原因导致的。宫颈囊肿是由细菌、病毒、支原体、衣原体等病原体所致，一般会出现分泌物增加，粘液脓性刺激会导致女性出现外阴瘙痒，如果不是特别的情况，一般不会出现阴道分泌物的情况。如果囊肿伴有严重的宫颈炎，可以通过电灼、激光、利普刀等物理疗法来进行治疗。
引起宫颈囊肿的原因有很多，如：性生活不洁、多次人工流产、慢性妇科炎症、宫颈糜烂愈合后、妇科手术不注意手术卫生、慢性炎症等多方面原因引起的，建议到正规医院检查治疗。
主要是有一种原因，中医和西医的观点也不一样，西医认为由于宫颈感染各种病原体，进一步导致了炎症，在炎症愈合修复过程中，宫颈腺体内的分泌物被新生鳞状上皮过度增生阻塞宫颈腺管形成囊性肿物。
