女性衣原体感染后，只有很小部分的女性才可能出现自愈，大多数女性都是不会自愈。
女性衣原体感染后如果不及时治疗，可能会发生成为慢性疾病，而且可能交叉感染，传染他人。凡是检测出了衣原体阳性的，不管有无症状，都应当尽早规范的进行治疗。
治疗期间，女性应该避免性生活，做好个人卫生。
支原体衣原体感染可能会自愈。
衣原体、支原体是临床上两种比较常见的病原微生物，在感染后，患者可能会有自愈的情况，但取决于患者的身体免疫力。如果患者的免疫力很强，可能会自愈，但如果无法自愈，建议患者及时前往正规医院，在医生指导下进行药敏试验，然后选择敏感的抗生素进行抗感染治疗。
男性衣原体感染一般不能自愈。
男性衣原体感染是一种很普遍的性病，一般不能自愈，需要积极进行治疗。如果确诊为衣原体感染衣，可以服用甲硝唑、奥硝唑等抗菌药物进行治疗。
为了防止交叉传染，男性在治疗过程中不能有性生活。平时要多饮水，多锻炼，增强机体的免疫力。
肺炎衣原体感染可能会自愈，可能不会自愈。
肺炎衣原体感染是由肺炎衣原体引起的感染性疾病，主要引起成人及青少年的非典型病原体肺炎，如果患者的感染程度较轻，而且患者的机体恢复能力较强，体质较好，则可能会自愈，但是概率较小。反之，则不能自愈。
建议患者及时治疗，以免导致肺部受损。
尿道衣原体感染一般不能自愈。
衣原体尿道炎如果不能自己痊愈，可以通过尿道分泌物进行细菌培养，再进行药物敏感性测试，选择敏感的抗生素进行治疗，可以治愈尿道炎，但不太容易自愈。患者可遵医嘱使用四环素、红霉素、阿奇霉素、氟喹诺酮类等药物进行治疗。