当男性感染支原体后，因支原体无细胞壁，故头孢类抗生素、青霉素类抗生素治疗支原体效果不佳，需要采取其他抗生素治疗。
男性感染支原体后，可遵医嘱选用喹诺酮类抗生素，例如盐酸左氧氟沙星片等、盐酸莫西沙星；或应用大环内酯类抗生素，例如阿奇霉素片、红霉素肠溶胶囊，或用四环素类抗生素治疗，例如盐酸多西环素片、盐酸米诺环素胶囊及其他。
妇科支原体的治疗通常无效果最好的药，通常使用较多的是抗生素。
妇科支原体感染在临床较为普遍，主要原因是个人卫生没有重视，致使在此期间诱发尿频、尿痛和外阴瘙痒、分泌增加等表现。由于支原体无细胞壁，治疗方面多采用四环素或者林可霉素类抗生素药物进行治疗，例如氟罗沙星、盐酸多西环素片剂和林可霉素。
具体使用药物患者需及时去医院向医师咨询，视具体情况而定，切勿私用。
大环内酯类是治疗支原体感染的首选药物。阿奇霉素、罗红霉素、红霉素等都是比较常见的药物。根据支原体感染后病情的轻重来进行处理。轻度和轻度的炎症可以在医生的指导下使用服用阿奇霉素或罗红霉素，如果患者的情况比较严重，则需要适当延长治疗时间，以便身体完全恢复。
男人支原体吃大环内酯类药最有效。
如果是支原体感染，可以进行分泌物的培养和尿培养，来确定支原体的药物敏感性，然后进行针对性的用药，通常可以服用阿奇霉素片、多西环素胶囊等大环内酯类药。经过2-3个星期的时间，基本上可以将支原体彻底清除。
另外，还可以服用一些清热利湿的中成药。
解脲支原体用药应根据具体的情况来选择。
解脲支原体是人体排泄生殖道的寄生虫，如果身体抵抗力降低，就会导致阴道、宫颈等生殖器感染，与流产、不育、胎儿宫内发育有关。
对于解脲支原体，可以口服左氧氟沙星片、阿奇霉素片、美满霉素胶囊等药物；还可以服用三金片、热淋清胶囊等清热利湿的中成药。
男性衣原体感染吃大环内酯类的抗生素效果好。其药物包括阿奇霉素、地红霉素、罗红霉素或米诺环素等。
男性衣原体感染主要表现是非淋菌性尿道炎，尿道会有烧灼痛、瘙痒、脓性分泌物异常伴异味的情况。另外，该病多通过性接触传播，因此应与性伴侣一起治疗，治疗过程中应避免性生活。