多数患儿软疣如无继发感染或湿疹反应，可自行减退，不留疤的。小儿软疣如不能自己消退，或疣体较大，影响外观者可手术。
这种病是一种自限性疾病，随诊观察亦可，但是由于疾病的恢复时间不可预知，怕传染眼睑、临床常选用积极治疗。在治疗中首选嵌夹治疗，首先，皮损内软疣小体被充分挤压出来，然后外搽碘酊，进行清洁消毒。还可以通过冷冻治疗或其他手段进行处理。
一般来说，儿童传染性软疣的诱发因素通常是免疫功能低下。
儿童传染性软疣属于痘病毒，主要有四个类型，通常儿童传染性软疣是免疫功能低下引起的，如果在不清洁的游泳池，可能会被传染，从而增加患有传染性软疣的风险。此外，如果使用糖皮质激素或其他免疫抑制剂，也可能会导致儿童传染性软疣。
儿童平时要保持自身清洁，避免去人群多的地方。加强锻炼，增强自身抵抗力。
儿童传染性软疣是由病毒感染引起，很可能自愈，但自愈所需时间个体差异较大，一般推荐抗病毒药物治疗。
儿童可以在医生的指导下擦维A酸软膏、咪喹莫特乳膏、西多福韦软膏、莫匹罗星软膏等。治疗过程中，应谨守医嘱、合理使用药物，切勿自行服药，以免造成严重不良反应。
大多数情况下6～9个月后传染性软疣皮疹可自行消退，病程与数目无关，愈合后不留瘢痕，所以患者不用过于担心。
但是传染性软疣的数目较多，或影响美观，患者可以采用局部药物治疗清除皮损。或是采用其他的治疗方法，如激光、液氮冷冻、电灼等。临床常用药物有维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏、斑蝥素乳膏或西多福韦软膏等。
传染性软疣在潜伏期时无明显症状，容易误诊没有感染该病。
本病的潜伏期是2～3周，接触传染性软疣的患者，经过一定的潜伏期后即可发病。传染性软疣的患者应该在诊断清楚之后，及时请医生为自己使用合适的方法治疗，在软疣发痒时应避免搔抓，避免烫洗，以免引起疣体破溃而导致病情加重。
一般情况下，儿童传染性软疣的治疗方式包括清除疣体、清除病毒等，具体分析如下：
1、清除疣体：最常见的是钳夹（或钳夹），在将疣取出后，再涂上2.5%的碘酒；
2、清除病毒：避免再次发生。通过服用增强免疫功能的药物，也可以通过服用一些干扰素来进行排除。还可以选择中医外敷。要想预防反复发作，就要注意加强饮食、增强身体免疫力、减少搔抓损伤、预防自身接种。衣物、毛巾、毛巾等与衣物有接触的物体要进行杀菌。
