电子结肠镜检查与一般肠镜检查是两种不同的方法。在进行无痛肠镜检查时，病人会先进行全身麻醉，所以不会感觉到任何疼痛。
但如果是一般的肠镜检查，由于检查设备有可能会刺激肠道粘膜，导致疼痛，需要做好肠镜检查。做完肠镜检查后一定要避免吃辛辣刺激性的食物，避免出现腹泻、腹部疼痛等情况。短时间内建议饮食以清淡为主。
肛门镜是一个长约7厘米的内窥镜，可以通过直接观察到肛门直肠的病变。肛门镜的粗细大小不一，专家可以根据病患的年龄和肛门的松紧程度来选择肛门镜。因为要撑开括约肌，检查的时候多多少少会有点不舒服，轻微疼痛。
根据个人的体质，做结肠镜的时候会有一定的痛苦。有些人在做结肠镜检查时会感觉到很疼，这是因为以前做过腹腔手术，术后会有肠道粘连，在肠镜下牵扯的情况下，会出现疼痛。结肠炎时，需要进行结肠镜检查。经期和高龄的妇女，由于腹部肌肉的力量较弱，肠袢的游离程度较高，所以在进行结肠镜检查时会有一定的痛苦。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。
肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。