急对于复杂的先天性心脏病通常采用分期治疗的原则，即仔细评估，找出核心问题，然后再解决次要问题。首先要做心脏导管检查，先做心脏超声检查，然后用导管监测心脏和血管内的压力，然后再评估心脏功能，主要是明确是否心脏畸形，如果发现有问题，可以分步治疗，先处理部分心脏畸形，再进行第二步手术。建议积极配合医生进行治疗，方便进行下一步治疗。
先天性心脏病室间隔缺损的治疗原则主要是鉴于室缺有自然闭合的可能，因而对缺损小、年龄小的病儿可随诊观察至2岁-3岁的可以进行手术治疗，对于极小室缺、无症状、胸片、心电图均正常者，可以保守治疗。
先天性心脏病可以通过使用药物、进行手术等方式进行治疗。
1.使用药物：对于先天性心脏病，患者可以在医生的指导下使用呋塞米、地高辛等药物进行治疗。治疗期间，患者应当多休息，不要进行过于剧烈的运动。
2.进行手术：先天性心脏病患者在必要时，还可以在医生的指导下通过室间隔缺损封堵术、先天性心脏病纠治术等手术的方式进行治疗。
先天性心脏病的治疗方案，取决于先天性心脏病的类型，以及发现先天性心脏病的年龄。
如果有房间隔缺损，或者是室间缺损不严重，可以采用封堵器进行微创介入。这个过程相对来说很容易，而且成功率也很高。如果是动脉导管没有闭，可以选择适当的封堵器进行，这样的话，手术的结果也会比较好，而且是比较保险的。对于复杂的房缺、室缺，无法采用封堵伞法进行处理，必须进行开胸术。此时的病人，危险性更高，而且术后的治疗，远不如封闭。至于法洛四联症、法洛三联症、肺动脉等复杂的心血管病，大部分都是通过心外科来解决的。
先天性心脏病是有可能会治疗恢复的。对于房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭以及肺动脉狭窄的经过治疗以后与正常的孩子是没有太大区别的。但是对于一些复杂性的先天性心脏病可能会留有一定的后遗症。
治疗先天性心脏病主要是通过手术的方法来进行治疗，但是取决于先天性心脏畸形的范围及程度。如果是简单轻微的畸形，如缺损直径小，则对血流动力学无明显影响，可以终身不需任何治疗。严重的先天性心脏病，在出生后手术治疗。