精子头部畸形率98%有很低的概率会自然怀孕。
一般情况下，正常形态精子所占比例应当大于4%，若是单纯的精子头部畸形率达到98%，和可能存在的体部或尾部的畸形，使之概率更高，就会有很低的概率会自然怀孕。另外，这可以通过抗氧化等治疗来改善精子畸形率，从而提高怀孕率。
此外，建议患者在日常生活中要注意饮食清淡，不要食用辛辣、刺激等食物；同时要注意休息，不要熬夜，保持好的心情。
胎儿畸形与精子畸形病并不是一回事，男性精子畸形只是形状不正常，影响受精能力，精子的质量才是影响到胚胎质量和流产的主要因素，单纯精子畸形率高，不会导致胎儿畸形率稍高。如果部分畸形精子病症有病毒感染，生殖器道感染，染色体异常等疾病，才会造成胎儿畸形率升高。
只要男子有正常健康的精子就是可以怀孕的，只是几率可能低些。可以喝中药调理，再备孕，平时不要熬夜，禁烟酒，多运动，避免久坐，多吃坚果深海鱼，再复查，用药期间可以备孕。
一般情况下，畸形精子怀孕不是畸形。具体情况分析如下：
男性精液中存在畸形精子，正常情况下，正常情况下男性会出现这种情况，正常情况下不超过60%就可以正常怀孕，而且怀孕后胎儿不会出现畸形，因为受孕是精子快速向前活动，与卵子结合的过程。但是胎儿畸形与其他因素有关系，需要定期进行产检，比如怀孕期间服用药物导致胎儿畸形，或者服用放射性物质。
正常精液中精子畸形率小于96%，正常精子比率大于4%。畸形率98%已经超出正常范围，可以诊断畸形精子症。畸形精子症中仍有很多正常精子，所以畸形精子症并不是不能怀孕，只是怀孕的概率低于正常人。如果怀孕了，一般也不会有问题，因为一般只有正常精子才可能受孕，而且有问题的胚胎往往会自然流产，这是一种自然选择。