一般情况下，怀孕初期小便后纸上有褐色分泌物意味着先兆流产、宫外孕、尿道炎、尿道结石等问题。具体分析如下：
怀孕初期，小便后纸上有褐色分泌物，要注意观察是否有血液从阴道或尿道口流出。从阴道排出，通常是阴道内有不正常的流血，这是先兆流产，也有可能是宫外孕导致的。但是，从尿道口流出来，可能是尿道炎或者是尿道结石引起的。
一般来说，怀孕出血后一直有褐色分泌物意味着胎盘前置。
妊娠出血后出现棕色分泌物，说明还有少量的血，需要做子宫附件超声检查，同时还要检查女性的雌孕激素和血HCG，这样才能确定胎儿的发育状况。胎盘前置导致的出血，出现棕色的分泌物，提示子宫内尚有少量出血，要多休息，多运动，以免出现大出血导致的早产，严重影响到母胎的生命。
在预产期周围出现褐色分泌物，提示快要生产了，这时可以到医院住院待产。有褐色分泌物，绝大多数提示是见红，见红24小时之内能够发动生产。所以怀孕39周有褐色分泌物，需要到医院住院待产。
怀孕初期hcg低孕酮高说明怀孕的时间较短。
正常情况下，如果孕妇的HCG低孕酮高，那么就表明这时孕妇怀孕时间还较短，这时的血HCＧ和孕酮会每48小时增长1.7倍，所以只要如果增长的速度正常，就表明了怀孕时间短。另外，如果检查出HCG结果大于2000，这时就已经可以通过B超来确诊宫内孕，而孕酮会在一段时间下降后上升。
怀孕初期有褐色分泌物可能是正常生理现象，也可能是疾病导致的异常情况，具体分析如下：
1.正常现象；受精卵形成后会在子宫腔内进行着床，受精卵在着床时会造成子宫内膜小血管的破裂，导致阴道褐色分泌物，一般1-2天可逐渐消失。
2.异常情况:若孕妇出现阵发性下腹疼痛，并伴随阴道出血，可能是先兆流产,应及时到医院就诊，遵医嘱使用药物进行保胎治疗；此外，阴道炎、宫颈炎等妇科疾病也可能导致有褐色分泌物，阴道炎一般可用碳酸氢钠清洗外阴，或用克霉唑栓剂局部用药，塞药时要动作轻柔，避免操作不当诱发宫缩，导致流产。
通常妇女妊娠早期出现褐色分泌物，若考虑为受精卵着床所致，通常维持约2～3日，极少超过7日，超过7日则需要到医院进行检查和治疗。
若妊娠早期褐色分泌物时间长达7天或更长，此时并没有考虑为受精卵着床出血所致，而是因自身黄体功能不健全，致使孕酮降低所致先兆流产的表现。或因受精卵不着床于宫腔之内，着床于宫腔之外导致阴道出血的不正常表现。