一般来说，怀孕期间子宫有囊肿，需要判断是宫颈囊肿还是卵巢囊肿，如果是宫颈囊肿，这种情况不要紧，是慢性宫颈炎引起的宫颈内口腺体分泌物潴留引起的，不需要处理，宝宝出生后定期检查就可以了。如果是卵巢囊肿，根据囊肿的大小、有无临床症状进行判断。建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
此外，孕妇应该保持良好的心态，同时注意休息，保证饮食营养的均衡摄入。
女性在孕期出现的右侧卵巢囊肿，如果囊肿的体积不超过4cm，就是生理性囊肿，因为妊娠后雌激素和孕激素的水平出现了变化，所以出现了黄体囊肿或黄素化囊肿。
如果是在妊娠之前就有，但是怀孕后生长速度加快，囊肿体积增大，那么就有可能是病理性的囊肿，这种情况下要根据B超判断囊肿的性质，5cm以上的良性和恶性囊肿都要做手术。
要看囊肿的位置以及大小，如果是卵巢囊肿，有可能有生理性的怀孕后，由于体内激素升高导致的，不用特殊处理，一般可以自行消失。所以如果是卵巢囊肿的，要看囊肿的大小和性质，生理性卵巢囊肿直径一般不会超过五厘米，超声检查透声性会比较好，并且没有异常血流信号和分隔带等。
女性怀孕期间发现卵巢囊肿，要定期做检查，如果囊肿没有迅速的生长，可以不用进行治疗，但是如果出现了恶性病变、囊肿蒂扭曲、囊肿破裂等情况，那么一定要尽快的终止妊娠。如果卵巢囊肿在短期内不断扩大，排除有恶性病变，可以通过腹腔镜进行手术，不仅可以保留胎儿，还可以将不断增大的卵巢囊肿切除。
建议孕妇及时就医治疗，以控制疾病。
如果检查是宫颈囊肿，是不需要治疗的，宫颈囊肿主要是因为宫颈腺体堵塞，导致分泌物，堆积引起来的，不会引起癌变，也不会影响水怀孕，所以不需要治疗。如果是卵巢囊肿，卵巢囊肿体积不超过五厘米，一般三个月之后会，自行消退，如果能持续增大，或者是怀疑有其他病变的情况，可以在怀孕三个月，胚胎稳定之后，做腹腔镜手术治疗。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。